Para descargar los datos por estados o municipios, se pueden generar con Google Earth Engine, accediendo a la secuencia de comandos (scripts) disponible en el enlace. Debe seleccionar el estado, el municipio, los años de interés y exportarlo a su carpeta de Google Drive.

https://code.earthengine.google.com/?accept_repo=users/mapbiomas/user-toolkit-amazonia